01 · WORKBENCH
一站式科研工作台
从文献检索到生信可视化、分子模拟与蛋白预测，多个工具集中在一个登录入口，按论文流程串起来。
15 个在线工具统一账号与任务状态云端长任务运行
ketuba · workbench
Workbench
晚上好，继续推进你的科研工作
今天的常用入口、服务状态与平台动态，都集中在这里。
提交需求工单网站导航
科研常用网址
生信图表
图表绘制
PubMed
文献批量下载
工单中心
需求与支持
生信图表 · 示例
TIFF / SVG平台工具15
累计更新22
服务状态运行正常
在线工具
15
已开放并持续维护
覆盖方向
08
文献 · 模拟 · 结构 · 预测 · 组学
运行环境
GPU
GROMACS · AMBER 力场
服务模式
评估制
确认方案后付款，不符可退
Capabilities · 能力总览
登录后，能用它做什么
一个入口覆盖科研常用环节：从文献到出图，从模拟到预测，再到人工评估的服务通道。
02 · LITERATURE
AI 文献流水线
PubMed 条件检索 → 批量下载 PDF → AI 逐篇速读抽取五要素 → 自动入库 → 按专题归档、检索与打标签。
条件检索批量下载五要素结构化速读个人文献库与专题
03 · VISUAL
高质量科研可视化
生信图表覆盖差异、富集、生存、聚类六大类，分子动力学产出 RMSD/自由能景观/MM-GBSA 等图集，支持 TIFF/SVG 导出。
六大类生信图表MD 分析图集TIFF / SVG 导出
04 · PROTEIN
前沿蛋白与结构计算
集成 PISA 界面能量分析、PTM 相分离预测、赖氨酸乳酰化位点预测与 DUB-底物相互作用等专业模型工具。
PISA 界面分析PTM / 乳酰化预测GNN 相互作用
05 · SERVICE
人工评估的服务通道
复杂任务先经人工评估可行性、周期与费用，确认方案后付款，并提供「不符确认方案可申请退款」的保障。
先评估报价确认后付款不符可退款
06 · REPRO
可复现与工程化
随机数生成器支持种子复现，长耗时任务持久化句柄、计算中防离开与防重复提交，照顾科研严谨与共享算力。
种子可复现任务持久化防重复提交
Ketuba Tools · Catalog
已开放工具目录
登录即可使用以下全部在线工具。点击任意工具会先进入登录页，登录成功后再展示该账号可用的完整工具。
01 · MD Simulation
分子动力学模拟
GROMACS 2025 全流程模拟，从体系构建到生产模拟、自由能分析与符合期刊投稿规格的图表导出。
GROMACS 2025AMBER 力场GPU 加速MM-GBSA
PDB + 配体参数 → 轨迹 / 自由能 / 分析图
02 · Charts
生信图表
覆盖差异、富集、生存、聚类、集合等六大类生信图表，支持示例数据与 TIFF / SVG 导出。
火山图富集生存曲线热图
矩阵 / 表达数据 → TIFF / SVG 图表
03 · PMID
PubMed 文献批量下载
按关键词、年份与影响因子区间检索 PubMed，确认 PMID 列表后批量查询并下载 PDF。
PubMed批量条件筛选
关键词 / 条件 → PMID / PDF / CSV
04 · Extract
AI 速读 · 文献入库
上传 PDF 后逐篇抽取核心要素（目的·创新点·方法·结果·结论），自动存入个人文献库，可检索与打标签。
AI 速读五要素自动入库
PDF 文献 → 结构化要素 / 入库
05 · Cluster
共识聚类
基于自定义基因集，对 TCGA 癌种样本做 ConsensusClusterPlus 共识聚类与分子分型。
TCGA分子分型聚类
基因集 / 队列 → 分型 / 图表
06 · PISA
PISA 结构分析
上传 PDB 结构，直连官方 PISA 计算蛋白-蛋白界面参数（ΔG、CSS 等），评估界面在水溶液中的结合倾向。
PDB界面ΔG
PDB 结构 → 界面参数 / 结果包
07 · PTM
PTM 相分离预测
预测翻译后修饰（PTM）对蛋白相分离倾向的影响，输出位点级与区域级分析及配套图表。
PTM相分离IDR/LCD
FASTA + 位点 → 位点 / 区域 / 图表
08 · Kla
乳酰化位点预测
基于 PCBert-Kla（ProtBert + 物化特征融合）模型预测蛋白质赖氨酸乳酰化（Kla）位点。
KlaPCBert位点
FASTA 序列 → 位点预测表
09 · TransDSI
DUB-底物相互作用
基于图神经网络与迁移学习的蛋白质组级 DUB-底物相互作用预测，含残基级可解释性结果图集。
GNN迁移学习可解释
蛋白 / 组学 → 相互作用 / 图集
10 · Corpus
我的文献库
AI 速读结果汇聚成的个人文献库，支持搜索、批量管理、自动去重与 CSV / JSON 导出。
检索去重导出
速读结果 → 文献库 / 导出
11 · Topics
我的文献专题
把检索到的文献按研究专题归档，挂接文献、批次与分析记录，按课题维度组织资料。
专题归档组织
文献 / 批次 → 专题归档
12 · Figure
科研绘图
类设计工具的画布编辑器，自由组合素材、文字、箭头与图形，绘制并导出高分辨率示意图。
画布图层导出
素材 + 标注 → 高分辨率图稿
13 · Layout
论文图片排版
画布式排版，把多张分图拼成符合期刊版式的组合图，统一图注与标号，支持 TIFF 导出。
拼版图注期刊规格
图片列表 → 组合图 / TIFF
14 · Nav
常用网站导航
按论文流程整理的科研常用网址直达导航，站点图标自动取自域名，快速找到查文献、拿数据、做分析的入口。
导航直达收藏
科研流程 → 常用网址直达
15 · Random
随机数生成器
支持固定种子（可复现）的随机小数 / 整数生成，适用于实验随机分组与抽样。
种子复现抽样分组
分布 / 种子 → 随机序列 / CSV
Research services· 工具之外工具之外，也可以协助你
工具之外，也可以协助你
把流程跑通、把结果整理出来。
模拟跑不动、分析流程卡住，或需要图表整理、格式规范与方法学梳理， 可以登录后提交需求。先人工评估可行性、周期与费用，确认方案后再付款。
01先评估报价02确认后付款03按方案交付04不符可退
分子动力学模拟运行协助
S1 · 模拟GROMACS 体系构建、参数处理、生产模拟、MM/GBSA 与轨迹分析，协助你在云端把自有体系跑通并整理结果。
- 体系构建、能量最小化、平衡与生产模拟
- MM/GBSA、RMSD、RMSF、Rg、氢键等分析出图
- 阶段性确认，异常任务先说明风险与边界
论文与项目材料协助
S2 · 材料围绕图表整理、语言润色、格式规范与方法学梳理提供协助，核心学术内容由作者本人完成。
- 研究问题、创新点与技术路线的结构梳理
- 图表逻辑、结果描述与方法部分的规范化
- 基金申请书的结构与图表规范化协助（申请人主导撰写）
生信分析与可视化协助
S3 · 生信数据清洗、差异分析、富集分析、可视化与结果解读，按数据类型和研究目的确认分析路线。
- 按数据类型与研究目的确认分析路线
- 输出图表、表格、结果说明与可复核材料
- 必要时补充验证思路与后续实验建议
How it works · 节点验收服务沟通不是越快越好，
服务沟通不是越快越好，
而是边界越清楚越好。
我们会优先确认材料是否完整、目标是否明确、时间是否合理。无法承接的任务会直接说明，不建议盲目下单。
01摘要
登录后提交需求
说明任务类型、现有材料、预期结果、截止时间和预算方式，最好附上失败日志或示例图表。
02评估
判断可行性与风险
先看数据和目标是否匹配，明确哪些结果能保证，哪些结果依赖数据质量或模型稳定性，并给出报价。
03拆分
按节点验收
将协助拆成阶段，比如试跑、正式运行、分析、图表和文字整理，避免一次性说不清。
04交付
交付与返工
交付结果包、图表和说明。如未达到约定节点，优先返工，不符合确认方案可按协议申请退款。
写给路过这里的你 · 自问自答
关于这个 网站
为什么做、它解决了什么、未来想往哪走——下面是我的一些自问自答。 如果你刚好路过，欢迎读一读；有想法，提个工单告诉我。
Q · 01
为什么要做这个网站？初衷是什么？
起初是因为自己工作和研究了这些年，积累下来的脚本和内容已经占了 几十 T 的硬盘。后来发现很多东西需要整理，就在一点点归拢的过程中顺手写成了这个系统。再后来觉得不如把它 公开出来，让大家一起用：一方面方便有需要的人学习，另一方面大家也能提意见，让我把它继续打磨好——算是一种 相互成就。
Q · 02
这个网站由谁开发？
由我一个人 独立开发，前后端、UI 和安全相关的部分都自己来。系统内部的经验和内容则大量来自我媳妇——她有多年一线科研经验，长期跟数据处理、图表制作和流程方法打交道；系统里很多功能的 设计思路和真实测试，都出自她手。
Q · 03
为什么叫「磕图吧」？
「磕图吧」三个字其实是当年随手起的一个网名。「磕」是 死磕、硬刚 的意思，「图」指的就是科研里反复打磨的那些 图——SCI 文章里的主图、补图、机制图，每一张都得抠到像素。「吧」沿用了贴吧那种社区氛围，希望它不光是一套工具，更是一个能聊、能问、能互相搭把手的地方。说白了，心思很直白：想把科研里「磕图」这件事，做得稍微轻松一点——少一点深夜对着 PDF 反复重画的崩溃，多一点把想法变成图的顺手感。
Q · 04
开发中遇到了什么问题？
技术层面其实没什么大问题——服务器是自己的，开发也做了不少年，碰到复杂点的需求基本 手拿把掐。真正头疼的是两件事。第一，怎么让小白用户也能顺利上手：我自己用觉得挺自然，但大家上手并不轻松，这一块只能靠各位多 反馈。第二，硬件可能跟不上：一开始没料到会有这么多人来用，硬件成本压力其实挺大。如果这个网站对你有帮助，欢迎把它 推荐给身边的朋友，也欢迎通过工单留下反馈或一点支持——这些都会变成下一阶段升级硬件的底气。
Q · 05
接下来打算开放哪些功能？
重点放在科研工具方向，核心是 生信分析——从入门分析到深度挖掘，会陆续把更多分析与可视化做成在线工具，也会覆盖文献、结构、蛋白预测等更多环节。工具之外，提供 方法学梳理、图表与格式规范化 的协助。需要说明的是：结果能否发表取决于创新点、数据完整度和审稿意见，我们只把能标准化的部分做扎实，不提供也不承诺代写代发。
Q · 06
未来的收费情况如何？
网站定位在常规科研场景的自助使用，自助能力做得比较强，日常使用基本不收费。涉及个人定制、投稿格式与排版规范化这类深度协助（不含撰写论文正文、申报书等核心内容，核心成果由你本人完成），可以 提交工单单独沟通，按需付费——先评估报价、确认方案后再付款。简单说：通用功能自助免费，定制服务按需付费。
Q · 07
遇到不会使用的情况怎么办？
后续会持续优化交互设计，尽量把步骤做简单，让 小白用户也能看懂、上手。也会陆续录制配套的 视频教程 放进系统里，方便大家边学边用；遇到卡点，随时提交工单。
Q · 08
数据安全与隐私如何保障？
除了登录账号必要的信息以外，系统不会主动留存你上传或填写的业务数据——运行中的数据都是 临时性 的：能在本地浏览器完成的就 留在你自己的设备上；涉及云端计算的功能，数据在处理完成后也 不作长期保存。
Q · 09
可以提建议或新功能需求吗？
可以。只要是 合理的新功能想法，欢迎提出来——我们会评估后按优先级排进迭代。建议 越具体、场景越清晰，越容易快速落地。
磕图吧 · 持续维护中有问题想聊？开个工单